Zdravá pôda je ekosystém bohatý na rôzne druhy organizmov a ich početnosť. V jednej hrsti pôdy sa nachádza viac organizmov, ako ľudí na našej planéte, konkrétne:
baktérie vytvárajú základnú štruktúru pôdy, tzv. mikroagregáty, vďaka ktorým pôda dýcha a zadržiava vodu. Enzymaticky rozkladajú rastlinné zvyšky, žijú v symbióze s rastlinami a sprístupňujú im živiny. Niektoré baktérie viažu atmosférický dusík, iné dokážu rozložiť minerálne častice v pôde. Výnimočne pri nevhodných podmienkach sa môžu vyskytnúť patogénne baktérie (anaeróbne v zhutnených pôdach);- huby v poľnohospodárskych pôdach dnes často chýbajú, v dôsledku čoho sú rastliny náchylnejšie na plesne a rôzne ochorenia. Prospešné huby tvoria pod zemou dlhé vlákna – hýfy a spájajú nimi neviditeľné časti pôdy do viditeľných makroagregátov. Pôda potom lepšie dýcha a zadrží viac vody. Huby vytvárajú enzýmy, ktoré rozkladajú drevo aj minerály;
- prvoky sú malé jednobunkové organizmy, typicky 10 až 100 krát väčšie ako baktérie. Známymi sú améby, bičíkovce a pri horšie prevzdušnenej pôde nálevníky. Prvoky požierajú baktérie, až 10 000 denne. Do pôdy vylučujú prebytočný dusík, fosfor a iné prospešné látky. Pri dostatočnom množstve prvokov majú rastliny neustály prísun živín a pôda je hnojená prirodzene;
- nematódy svojou prítomnosťou napovedajú veľa o zdraví pôdy. Prospešné nematódy sa živia baktériami, hubami, prvokmi a inými nematódami. Po ich strávení uvoľňujú živiny. Tiež vytláčajú škodlivé nematódy, ktoré vysávajú šťavu z koreňov, ako napr. háďatko zemiakové;
- malé pôdne bezstavovce v zložitej sieti pôdneho života hrajú dôležitú úlohu, hoci mnohé z týchto organizmov sú stále neznáme. Sú zodpovedné za premenu organických látok a kolobeh živín v pôde. Mnohé sa živia hubami, fyzicky a chemicky rozkladajú dostupnú organickú hmotu. Na svojich telách šíria pôdou baktérie a spóry húb, čím urýchľujú pôdne procesy. Zlepšujú štruktúru pôdy a požieraním škodcov aj zdravie rastlín;
- veľké pôdne bezstavovce na svojich telách prenášajú mikrobióm a očkujú – inokulujú ním svoje okolie. Požieraním škodcov zlepšujú zdravie rastlín. Nazývame ich tiež pôdni inžinieri. Mravce premiestňujú veľké množstvo zeminy a organickej hmoty. Dážďovky vytvárajú chodbičky v pôde, čím ju prevzdušňujú a sú mimoriadne dôležité pre infiltráciu väčších zrážok. Stonožky a chrobáky plnia úlohu dravcov – sanitárov pôdneho ekosystému;
- stavovce sa často vnímajú ako pôdny škodcovia (krt, hlodavce),.no dokážu efektívne prevzdušniť pôdu a prenášať pôdny mikrobióm na väčšie vzdialenosti;
- rastliny sú primárnym zdrojom potravy pre pôdny ekosystém. Koreňmi formou výlučkov – exudátov posúvajú baktériám a hubám v priemere 40 % svojej energie získanej fotosyntézou. Výmenou získavajú od mikróbov živiny a ďalšie látky ktoré potrebujú, napr. ochranné látky, hormóny, enzýmy atď. Odumretá rastlinná hmota sa stáva potravou pre pôdny mikrobióm.